La chiesa parrocchiale si trova proprio nel centro di Flaurling ed è un edificio classicista che sorge in luogo di una cappella del XIV secolo. Nel 1508 la chiesetta fu ampliata ad opera del sacerdote Sigismund Ris. Nel 1574 e nel 1750 seguirono ulteriori rimaneggiamenti. Nel 1836 la chiesa parrocchiale e decanale venne ampliata. Da allora l'ingresso principale non si trova più sul lato occidentale, ma su quello orientale. Negli anni 1957/58 l'artista tirolese Wolfram Köberl realizzò un imponente dipinto sul soffitto. Nel 2010 l'interno della chiesa è stato completamente rinnovato e ridisegnato in prospettiva liturgica, mentre nel 2012 è stata eseguita una ristrutturazione della torre campanaria e della facciata.

La chiesa è dedicata a Santa Margherita, per questo ogni anno il 20 luglio si festeggia la santa patrona.